В темных и пронизанных тайнами недрах Нью-Йорка, в самих самых потаенных уголках канализации, живут четверо необычных братьев. Эти существа — черепахи — на протяжении многих лет обучались искусству ниндзюцу, вдали от людских глаз, в своей укрытой вселенной. Однако со временем они решают покинуть свои подземные укрытия и попробовать погрузиться в..

Сюжет разворачивается спустя два месяца после драматических событий, когда черепашки-ниндзя одержали победу над могущественным мутантом, принявшим облик гигантского кайдзю и угрожавшим Нью-Йорку. В эти спокойные дни братья наслаждаются размеренной и тихой жизнью, укрываясь в лабиринтах городской канализации. Однако это затишье оказывается..