Евангелион 3.0: Ты

После длительной комы, в которой Синдзи оказался, он вновь открывает глаза на мир, наполненный опасностями и предательством. Ему стало известно, что его попытка спасти Рэй обернулась катастрофой, оставив его в состоянии хаоса. Ситуация усугубляется тем, что теперь на нем надет сдерживающий ошейник, символ его беспомощности перед лицом событий, которые разворачивались за его спокойной комой. Тем временем, его знакомые — Мисато, Аска и другие — присоединились к организации WILLE, которая противостоит NERV, что добавляет ещё больше напряжения в его уже и без того тяжелую жизнь. Несмотря на то что прошло 14 лет с момента Третьего удара, мир изменился, и пилоты «Евангелионов», такие как Синдзи, остались запечатанными в образе подростков, обремененных прошлым.

Вскоре он сталкивается с трагической новостью о Рэй: Мисато утверждает, что её больше не существует, что еще больше углубляет кризис юноши. Однако судьба оказывается иначе, когда Рэй возвращается, но уже не в привычном облике, а на новом боевом роботе серии «Марк». С этой неожиданной силой она пробивается к Синдзи, чтобы освободить его из приковавшего к нему воздушного линкора WILLE, что ставит под сомнение всё, во что он верил. Этот неожиданный поворот событий бросает его в ещё большую борьбу с собственными чувствами и воспоминаниями, заставляя пересмотреть свои отношения с окружающими, особенно с Рэй, чья роль в его жизни становится всё более запутанной и интригующей. Синдзи оказывается перед выбором: следовать за своим сердцем или поддаться тёмным теням прошлого, которые все еще преследуют его на каждом шагу.